Penelitian masalah Papua dilakukan secara perorangan ataupun kelompok dalam hal ini oleh lembaga. Beberapa penelitian telah dilakukan dan sebagian lagi masih terus dilakukan sampai saat ini. Pada umumnya hasil penelitian menjadi bahan rekomendasi bagi kebijakan nasional atau daerah terkait pembangunan dan upaya penyelesaian konflik di Papua.
Dalam konteks penyelesaian masalah Papua, harapan rakyat Indonesia khususnya warga Papua adalah bahwa upaya penyelesaian masalah Papua jangan terlalu lama bahkan terhenti pada penelitian dan rekomendasi belaka tetapi butuh tindakan yang nyata.
Beberapa lembaga yang secara konsisten melakukan penelitian terkait Papua meliputi:
1. Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI).
LIPI telah melakukan banyak penelitian tentang Papua, terutama melalui Pusat Penelitian Politik. Salah satu penelitian terkenal mereka adalah kajian mengenai akar masalah Papua yang mencakup aspek kesejahteraan, kekerasan, diskriminasi, dan sejarah integrasi Papua ke Indonesia.
IPAC sering menerbitkan laporan mengenai konflik di Papua, termasuk dinamika politik, gerakan separatis, dan respons dari pemerintah Indonesia. Laporan-laporan ini banyak digunakan oleh para pengambil kebijakan untuk memahami situasi di lapangan.
Kedua organisasi ini fokus pada isu-isu hak asasi manusia di Papua. Mereka sering mengeluarkan laporan yang menyoroti pelanggaran HAM, kekerasan oleh aparat keamanan, serta kondisi penjara bagi aktivis Papua.
Melalui berbagai fakultas, termasuk Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, UGM telah melakukan berbagai studi yang mengeksplorasi aspek sosial, budaya, dan politik Papua. Mereka sering bekerja sama dengan lembaga lain untuk penelitian lapangan dan analisis kebijakan.
Sebagai universitas terkemuka di Papua, Universitas Cenderawasih melakukan berbagai penelitian lokal terkait masalah sosial, ekonomi, budaya, dan politik yang dihadapi oleh masyarakat Papua.
ICG adalah lembaga yang fokus pada analisis konflik global, termasuk di Papua. Mereka menerbitkan laporan yang menganalisis akar penyebab konflik di Papua dan merekomendasikan langkah-langkah untuk penyelesaiannya.
Papua Center di UI adalah pusat penelitian khusus yang didirikan untuk mempelajari berbagai isu yang terkait dengan Papua, dari sisi hukum, sosial, politik, hingga ekonomi.
8. Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM).
Banyak LSM yang aktif melakukan penelitian dan advokasi terkait Papua, seperti KontraS (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan), Imparsial, dan Greenpeace Indonesia yang menyoroti isu-isu lingkungan dan hak masyarakat adat.
Penelitian-penelitian yang dilakukan oleh lembaga-lembaga ini sangat beragam dalam pendekatan dan temanya, dan biasanya menghasilkan rekomendasi untuk kebijakan yang lebih efektif dan adil dalam menangani masalah di Papua.
